Funai e FNS (1990 a 1999)

Durante as discussões da Reforma Sanitária, havia tensão entre técnicos do Ministério da Saúde (MS), que defendiam a municipalização da saúde indígena, e os da Funai, que resistiam à transferência, temendo o enfraquecimento institucional. Entre 1990 e 1999, o conflito resultou na revogação do Decreto nº 23/1991 e sua substituição pelo Decreto nº 1.141/1994, que devolveu à Funai a responsabilidade sanitária. Contudo, a Resolução nº 001/1994 manteve o MS vinculado à saúde indígena, criando uma divisão entre ações curativas (Funai) e preventivas (FNS), em contradição com o princípio da integralidade do SUS. Nesse período, o envolvimento da Funasa concentrou-se na Amazônia, com destaque para o DSEI Yanomami, criado por motivação política mais que sanitária. Como não houve autorização para contratar pessoal, a FNS recorreu à contratação temporária, enquanto sofria enfraquecimento estrutural devido à municipalização e à perda do modelo federalista. Apesar de deliberada para extinção na 9ª Conferência Nacional de Saúde (1992), a FNS permaneceu com gestão centralizada e baixa capacidade operacional, sem conseguir ampliar a cobertura do SUS às aldeias nem articular parcerias locais. Essa configuração consolidou um Subsistema de Saúde Indígena baseado em um modelo federalista, contraditório com a lógica municipal do SUS, um impasse que persiste até hoje.